Kuten monissa muissakin lajeissa Suomessa, Shorinji Kempo -toimintaa pyörittävät paikallisella tasolla voittoa tuottamattomat rekisteröidyt yhdistykset. Seurat toimivat niille valittujen sääntöjen pohjalta, jotka luonnollisesti noudattavat Suomen yhdistyslakia. Yhdistykset hoitavat harjoituspaikkojen vuokraamisen, jäsenmaksujen keräämisen ja muut toiminnan kannalta olennaiset asiat. Vaikka vilkas yhdistystoiminta on luonteenomaista erityisesti suomalaiselle kulttuurille, ei kaikkalla maailmassa ei kuitenkaan toimita samalla tavoin. Järjestötoiminta Shorinji Kempossa on seurausta suomalaisista oloista.
Maailmanlaajuisesti WSKO:n alainen toiminta on jaoteltu ns. bracheihin. Branch on englantia ja tarkoittaa oksaa tai haaraa. Sen toimintaa johtaa "brach master" (haaran johtaja), jonka on oltava vähintään 3. dan ja hänellä on oltava WSKO:n hyväksyntä toiminnalle. Branch masterin vastuulla on koko branchin opetus ja toiminta. Tietysti hänellä voi olla assistant branch master ja apuopettajia auttamassa, mutta päätöksien teon vastuuta ja velvollisuutta ei kuitenkaan voi toiselle siirtää. Suuren vastuun takia branchin perustaminen ei ole helppoa. Tiukkojen perustamisvaatimusten johdosta Shorinji Kempo leviää verrattaen hitaasti, mutta toisaalta opetuksen taso pysyy korkeana.
Vaikka Suomessa puhutaan yleisesti seuroista, niin kaikki Shorinji Kempo seurat eivät kuitenkaan ole WSKO:n alaisia "haaroja" vaan ne toimivat jonkin muun branchin alaisuudessa. Shorinji Kempoa ei ole mahdollista harrastaa kuulumatta WSKO:n hyväksymään branchiin, jota johtaa WSKO:n hyväksymä branch master.